Впервые упоминается в 1371 как город Верея. Название от верея, в русском языке 11-17 вв. "участок земли или леса", русского диалектного "небольшой клин, полоса луга, поля, леса".
В 1410 разграблена татарским войском под предводительством Едигея, в 1445 - литовцами. В 1432-1486 центр Верейского княжества, с 1487 - удельного княжества в Московском государстве, в 1519-67 входила в Старицкое княжество. В 1610 Верея была захвачена поляками.
С 1782 уездный город Московской губернии. В 18 в. торговый и ремесленный (кожевенное, сапожное, кузнечное и другие производства) центр.
Во время Отечественной войны 1812 была разорена французскими войсками. В городе останавливался Наполеон. 29 сентября 1812 отряд под командованием генерала И.С. Дорохова штурмом освободил город.
К концу 19 в. Верея - один из самых малозаметных уездных городов Московской губернии.
Во время Великой Отечественной войны 1941-45 в районе города проходили ожесточённые бои. Верея была оккупирована немецко-фашистскими войсками с ноября 1941 по январь 1942.
