Основан в 1638 как казачье зимовье (острог) на р. Дулгалах - Верхоянский острог, в 90 км к юго-западу от современного Верхоянска. Название по расположению в самом верхнем течении р. Яна, при слиянии образующих её истоков.
В 1775 для удобства сбора податей было перенесено под названием Верхоянское зимовье на левый берег р. Яна. С 1817 город Верхоянск.
В 1860-х - 1917 место политической ссылки.
